辅助实验室主要包括前处理室、大型仪器室、样品室、操作室、标本室、药品室、图书资料室、多媒体应用实验室等共计25个实验室。

1. 样品前处理室

2. 有机物分析前处理室

3. 持久性有机物前处理室

4. 无机物前处理室

5. 水样品前处理室

6. 大气样品前处理室

7. 微生物发酵室   

8. 流动分析仪室

9. 全自动汞分析仪室

10. 气质联用仪室

11. 原子吸收分光光度计室

12. 等离子发射光谱仪室

13. 原子荧光分光光度计室

14. 离心机室

15. 仪器室

16. 药品室

17. 天平室

18. 无菌操作室   

19. 土壤标本室

20. 植物营养诊断室

21. 土壤样品室

22. 标样室

23. 档案室

24. 图书资料室

25. 多媒体应用实验室